Ранняя история. Открытие острова европейцами (около 1526—1542 года) XVII—XVIII века. Собственно «пиратский период», когда остров использовался как база, где можно было запастись рыбой, пресной водой и древесиной для починки судов. Согласно легенде, в это время остров становится знаменитым «пиратским сейфом». Конец XVIII — начало XIX века. Наименее изученный период. Остров служит базой для китобоев, также используется для пополнения запасов пресной воды, дров и корабельной древесины. 1791—1932 годы. Время научного описания и изучения острова. Начинается с посещения острова натуралистом Алехандро Маласпиной и заканчивается путешествием Аллана Хэнкока на моторной яхте «Венеро III». В это время происходит картографирование острова, его геологическое исследование, изучение островной флоры и фауны. 1879—1912 годы: колониальный период. Попытка превратить остров в ссыльную тюрьму, затем — основать на нём сельскохозяйственную колонию. Обе попытки проваливаются из-за слабой связи с материком и трудностей, связанных с выживанием человека в тропических влажных лесах. Первая четверть XIX века — наши дни: поиски сокровищ и эра туризма. На острове побывали около 300 больших и малых экспедиций. Никто из них (по крайней мере, официально) не объявил об успехе. Последняя экспедиция под руководством Джона Ходжеса и Леонела Пачеко посетила остров Кокос в 1992 году и, как многие другие, покинула его с пустыми руками.

Не исключена возможность, что остров Кокос был известен коренному населению Коста-Рики задолго до открытия этих земель испанцами, но прямых доказательств этому нет. По свидетельству Гонсало Фернандеса де Овьедо («Общие сведения о естественной истории Индий»), первым из европейцев на острове высадился Хуан Кабесас, представитель торгового дома Севильи. Кабесас дал острову имя Ракушечный остров Святого Креста (Spanish: Isla de Coques e Isla de Santa Cruz), однако название было, возможно, перепутано или заменено. Точная дата открытия неизвестна; считается, что произошло это практически случайно, где-то между 1526 и 1542 годами (источники сильно расходятся в датах), когда остров появляется впервые на французской карте Никола Делиена (Nicolas Desliens) под именем Ракушечный остров (French: Ysle de Coques). Событие это осталось практически незамеченным, ибо Испанская империя не считала заброшенный в океане пустынный остров стратегически важным для освоения новых земель[22].